About
Mateusz Rzycki completed his PhD in 2023 in the MEDΦ group with a theoretical model that decomposes the antimicrobial effect into a physical, simulation-driven picture. He builds mimetic bacterial-envelope systems, including realistic E. coli models, and studies how surfactants and antiseptics act on them.
His recent work moves from analysis to design: generating new membrane-active antimicrobials with machine learning and testing them against specific bacterial microdomains. He is supported by a National Science Centre grant and co-develops numerical tools for membrane-interaction analysis.
Mateusz Rzycki obronił doktorat w 2023 r. w grupie MEDΦ, proponując model teoretyczny, który rozkłada efekt przeciwdrobnoustrojowy na fizyczny, oparty na symulacjach obraz. Buduje mimetyczne systemy osłon bakteryjnych, w tym realistyczne modele E. coli, i bada, jak działają na nie surfaktanty i antyseptyki.
Jego najnowsze prace przechodzą od analizy do projektowania: generowania nowych związków aktywnych błonowo metodami uczenia maszynowego i testowania ich wobec konkretnych mikrodomen bakteryjnych. Jest finansowany z grantu Narodowego Centrum Nauki i współtworzy narzędzia numeryczne do analizy oddziaływań z błoną.
Research interests
Selected publications
Rzycki M. et al. Designing AI-generated antimicrobials for targeting bacterial microdomains. Scientific Reports 2025.
doi: 10.1038/s41598-025-31350-1Rzycki M. et al. Multifaceted activity of Fabimycin: insights from molecular dynamics studies on bacterial membrane models. Journal of Chemical Information and Modeling 2024.
doi: 10.1021/acs.jcim.4c00228Rzycki M., Gładysiewicz-Kudrawiec M., Kraszewski S.P. Molecular guidelines for promising antimicrobial agents. Scientific Reports 2024; 14: 4641.
Rzycki M., Kaczorowska A., Kraszewski S., Drabik D. A systematic approach: molecular dynamics study and parametrisation of Gemini-type cationic surfactants. IJMS 2021; 22(20): 10939.
doi: 10.3390/ijms222010939Rzycki M., Kraszewski S.P., Gładysiewicz-Kudrawiec M. Diptool: a novel numerical tool for membrane interactions analysis. Materials 2021; 14(21): 6455.