Kryspin Mirota, Joanna Wicher-Żółtaniecka, Mateusz Rzycki, Izabela Popiel-Humeniuk, Andrzej Kosior, Ziemowit Ostrowski. Patient-specific continuous non-invasive blood pressure waveform in computed tomography derived fractional flow reserve calculation: Comparison with population-based pressure models. Computer Methods and Programs in Biomedicine 2026 vol. 284, art. 109449, s. 1-9.
About
Mateusz Rzycki completed his PhD in 2023 in the MEDΦ group with a theoretical model that decomposes the antimicrobial effect into a physical, simulation-driven picture. He builds mimetic bacterial-envelope systems, including realistic E. coli models, and studies how surfactants and antiseptics act on them.
His recent work moves from analysis to design: generating new membrane-active antimicrobials with machine learning and testing them against specific bacterial microdomains. He is supported by a National Science Centre grant and co-develops numerical tools for membrane-interaction analysis.
Mateusz Rzycki obronił doktorat w 2023 r. w grupie MEDΦ, proponując model teoretyczny, który rozkłada efekt przeciwdrobnoustrojowy na fizyczny, oparty na symulacjach obraz. Buduje mimetyczne systemy osłon bakteryjnych, w tym realistyczne modele E. coli, i bada, jak działają na nie surfaktanty i antyseptyki.
Jego najnowsze prace przechodzą od analizy do projektowania: generowania nowych związków aktywnych błonowo metodami uczenia maszynowego i testowania ich wobec konkretnych mikrodomen bakteryjnych. Jest finansowany z grantu Narodowego Centrum Nauki i współtworzy narzędzia numeryczne do analizy oddziaływań z błoną.
Research interests
antimicrobialsbacterial membranesmolecular dynamicssurfactantsAI designDiptool
DONA
Recent publications
Latest five journal articles and book chapters
Mateusz Rzycki, Adam Gruda. Designing AI-generated antimicrobials for targeting bacterial microdomains. Scientific Reports 2026 vol. 16, art. 1708, s. 1-14.
Ambili Ramanthrikkovil Variyam, Mateusz Rzycki, Ramesh Nandi, Alexei A Stuchebrukhov, Dominik Borek-Drabik, Nadav Amdursky. The role of lipid phase and temperature in proton barrier and proton migration on biological membranes. Chemical Science 2025 vol. 16, nr 12, s. 5194-5204.
Ambili Ramanthrikkovil Variyam, Mateusz Rzycki, Anna Yucknovsky, Alexei A Stuchebrukhov, Dominik Borek-Drabik, Nadav Amdursky. Proton diffusion on the surface of mixed lipid membranes highlights the role of membrane composition. Biophysical Journal 2024 vol. 123, nr 24, s. 4200-4210.
Mateusz Rzycki, Dominik Borek-Drabik. Multifaceted activity of fabimycin: insights from molecular dynamics studies on bacterial membrane models. Journal of Chemical Information and Modeling 2024 vol. 64, nr 10, s. 4204-4217.
DONA · saved list: 2026-10-09
entire body of scientific work